Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- a -

• addCNVCall() : CNVData
• addSVCall() : SVData

- b -

• begin() : SVData

- c -

• calculateLogRRatiosAtSNPS() : CNVCaller
• calculateMeanChromosomeCoverage() : CNVCaller
• calculateWindowLogRRatio() : CNVCaller
• CNVCaller() : CNVCaller
• ContextSV() : ContextSV

- d -

• detectSVsFromCIGAR() : SVCaller
• detectSVsFromSplitReads() : SVCaller

- e -

• end() : SVData

- g -

• getBAMFilepath() : InputData
• getChrCov() : InputData
• getContigHeader() : FASTAQuery
• getFilepath() : FASTAQuery
• getMostCommonCNV() : CNVData
• getOutputDir() : InputData
• getPFBFilepath() : InputData
• getRefGenome() : InputData, SVData
• getRegion() : InputData
• getRegionChr() : InputData
• getRegionEnd() : InputData
• getRegionSet() : InputData
• getRegionStart() : InputData
• getSequence() : InputData, SVData
• getSNPFilepath() : InputData
• getSNPPopulationFrequencies() : CNVCaller
• getWindowSize() : InputData

- i -

• InputData() : InputData

- l -

• labelCNVs() : ContextSV

- q -

• query() : FASTAQuery

- r -

• readSNPBAFs() : CNVCaller
• run() : CNVCaller, ContextSV, SVCaller

- s -

• saveToTSV() : CNVCaller
• saveToVCF() : SVData
• setBAMFilepath() : InputData
• setChrCov() : InputData
• setFilepath() : FASTAQuery
• setOutputDir() : InputData
• setPFBFilepath() : InputData
• setRefGenome() : InputData
• setRegion() : InputData
• setSNPFilepath() : InputData
• setWindowSize() : InputData
• SVCaller() : SVCaller
• SVData() : SVData

- u -

• updateSVType() : SVData