Here is a list of all variables with links to the classes they belong to:

- a -

• A : CHMM

- b -

• B : CHMM
• B1_mean : CHMM
• B1_sd : CHMM
• B1_uf : CHMM
• B2_mean : CHMM
• B2_sd : CHMM
• B2_uf : CHMM
• B3_mean : CHMM
• B3_sd : CHMM
• B3_uf : CHMM
• bam_filepath : InputData

- c -

• chr_cov : InputData
• chr_mean_coverage : CNVCaller
• chr_to_seq : FASTAQuery
• cnv_calls : CNVData

- d -

• dist : CHMM

- f -

• fasta_filepath : FASTAQuery
• fasta_query : InputData

- i -

• input_data : CNVCaller, ContextSV, SVCaller

- m -

• M : CHMM
• max_indel_dist : SVCaller
• min_mapq : SVCaller
• min_sv_size : SVCaller

- n -

• N : CHMM
• NP_flag : CHMM

- o -

• output_dir : InputData

- p -

• pfb_filepath : InputData
• pi : CHMM

- r -

• ref_filepath : InputData
• ref_genome : SVData
• region : InputData
• region_chr : InputData
• region_end : InputData
• region_set : InputData
• region_start : InputData

- s -

• snp_vcf_filepath : InputData
• sv_calls : SVData
• sv_type_map : SVData

- w -

• window_size : InputData