Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- a -

• A : CHMM
• addCNVCall() : CNVData
• addSVCall() : SVData

- b -

• B : CHMM
• B1_mean : CHMM
• B1_sd : CHMM
• B1_uf : CHMM
• B2_mean : CHMM
• B2_sd : CHMM
• B2_uf : CHMM
• B3_mean : CHMM
• B3_sd : CHMM
• B3_uf : CHMM
• bam_filepath : InputData
• begin() : SVData

- c -

• calculateLogRRatiosAtSNPS() : CNVCaller
• calculateMeanChromosomeCoverage() : CNVCaller
• calculateWindowLogRRatio() : CNVCaller
• chr_cov : InputData
• chr_mean_coverage : CNVCaller
• chr_to_seq : FASTAQuery
• cnv_calls : CNVData
• CNVCaller() : CNVCaller
• ContextSV() : ContextSV

- d -

• detectSVsFromCIGAR() : SVCaller
• detectSVsFromSplitReads() : SVCaller
• dist : CHMM

- e -

• end() : SVData

- f -

• fasta_filepath : FASTAQuery
• fasta_query : InputData

- g -

• getBAMFilepath() : InputData
• getChrCov() : InputData
• getContigHeader() : FASTAQuery
• getFilepath() : FASTAQuery
• getMostCommonCNV() : CNVData
• getOutputDir() : InputData
• getPFBFilepath() : InputData
• getRefGenome() : InputData, SVData
• getRegion() : InputData
• getRegionChr() : InputData
• getRegionEnd() : InputData
• getRegionSet() : InputData
• getRegionStart() : InputData
• getSequence() : InputData, SVData
• getSNPFilepath() : InputData
• getSNPPopulationFrequencies() : CNVCaller
• getWindowSize() : InputData

- i -

• input_data : CNVCaller, ContextSV, SVCaller
• InputData() : InputData

- l -

• labelCNVs() : ContextSV

- m -

• M : CHMM
• max_indel_dist : SVCaller
• min_mapq : SVCaller
• min_sv_size : SVCaller

- n -

• N : CHMM
• NP_flag : CHMM

- o -

• output_dir : InputData

- p -

• pfb_filepath : InputData
• pi : CHMM

- q -

• query() : FASTAQuery

- r -

• readSNPBAFs() : CNVCaller
• ref_filepath : InputData
• ref_genome : SVData
• region : InputData
• region_chr : InputData
• region_end : InputData
• region_set : InputData
• region_start : InputData
• run() : CNVCaller, ContextSV, SVCaller

- s -

• saveToTSV() : CNVCaller
• saveToVCF() : SVData
• setBAMFilepath() : InputData
• setChrCov() : InputData
• setFilepath() : FASTAQuery
• setOutputDir() : InputData
• setPFBFilepath() : InputData
• setRefGenome() : InputData
• setRegion() : InputData
• setSNPFilepath() : InputData
• setWindowSize() : InputData
• snp_vcf_filepath : InputData
• sv_calls : SVData
• sv_type_map : SVData
• SVCaller() : SVCaller
• SVData() : SVData

- u -

• updateSVType() : SVData

- w -

• window_size : InputData